為鼓勵旅居菲律賓的青年台商及台商第二代加入台商會，使其得以傳承並發展，菲總在總會長齊偉能先生任內，於2011年正式成立附屬青年組織 – 菲律賓台商總會青年團，並由林登峰先生擔任創團團長。為配合全球青年台商組織趨勢，更加強調青年台商主體性，將“青年團”更名為“青商會”，故於2013年9月，正式更名為菲律賓台商總會青商會。菲青亦於創會起，即設有會費制度，完備自主經營性。

菲青目前會員數達40位以上，人數仍持續增加中，所屬產業包含食品、餐飲、不動產、家具、建材及化工等。至今，菲青邁入第六屆，由謝佳恩女士擔任會長。